मिशनऱ्यांनी भारतावर सोडलेली सर्वात खोल खूण कदाचित शाळा असावी. जेझुइटांनी १५०० च्या दशकात पहिल्या ख्रिश्चन शाळा उघडल्या; ट्रान्क्युबार मिशनऱ्यांनी — १७०६ पासून झीगेनबाल्ग, नंतर ख्रिश्चन फ्रेडरिक श्वार्ट्झ — देशी भाषेतील व इंग्रजी शाळा चालवल्या. १८१८ मध्ये सेरामपूर त्रिकुटाने सेरामपूर कॉलेजची स्थापना केली, जे १८२७ च्या डॅनिश राजशासनाच्या सनदेमुळे आशियातील पहिली पदवी देणारी संस्था बनले, कोणत्याही जाती-धर्माच्या विद्यार्थ्यांसाठी खुली. अलेक्झांडर डफ यांनी १८३० मध्ये कलकत्त्यात इंग्रजी माध्यमातील उच्च शिक्षण सुरू केले. महत्त्वाचे म्हणजे, मिशन शाळांनी इतरत्र कुठेही प्रवेश नाकारलेल्या स्त्रिया व खालच्या जातीच्या मुलांना प्रवेश दिला, आणि आदिवासी ईशान्य व छोटानागपूरमधील बहुतांश पहिल्या शाळा बांधल्या — केरळ व तमिळनाडूच्या नंतरच्या उच्च साक्षरतेमागील एक प्रमुख प्रेरक शक्ती.
- सेरामपूर कॉलेजची स्थापना १८१८ मध्ये झाली; १८२७ च्या डॅनिश राजशासनाच्या सनदेने ते आशियातील पहिली पदवी देणारी संस्था बनवले, कोणत्याही जाती-धर्मासाठी खुली.
- अलेक्झांडर डफ यांनी १८३० मध्ये कलकत्त्यात इंग्रजी माध्यमातील उच्च शिक्षण सुरू केले.
- लखनौ वुमन्स कॉलेज (१८८६) हे आशियातील पहिले ख्रिश्चन महिला महाविद्यालय मानले जाते.