भारत पर मिशनरियों ने जो सबसे गहरी छाप छोड़ी, वह शायद विद्यालय ही है। जेसुइट्स ने 1500 के दशक में पहले ईसाई स्कूल खोले; ट्रांक्वेबार के मिशनरियों — 1706 से त्सीगेनबाल्ग, और बाद में क्रिश्चियन फ्रीडरिक श्वार्ट्ज़ — ने देशी भाषा और अंग्रेज़ी के स्कूल चलाए। 1818 में सेरामपुर त्रयी ने सेरामपुर कॉलेज की स्थापना की, जिसे 1827 के एक डेनिश शाही अधिकार-पत्र ने एशिया की पहली डिग्री-प्रदान करने वाली संस्था बनाया, जो किसी भी जाति या पंथ के छात्रों के लिए खुली थी। अलेक्ज़ेंडर डफ़ ने 1830 में कलकत्ता में अंग्रेज़ी-माध्यम उच्च शिक्षा शुरू की। महत्वपूर्ण बात यह है कि मिशन स्कूलों ने उन महिलाओं और निचली-जाति के बच्चों को प्रवेश दिया जिन्हें और कहीं भी शामिल नहीं किया जाता था, और आदिवासी पूर्वोत्तर तथा छोटानागपुर में अधिकांश पहले स्कूल बनाए — जो बाद में केरल और तमिलनाडु की उच्च साक्षरता के पीछे एक प्रमुख शक्ति बनी।
- सेरामपुर कॉलेज की स्थापना 1818 में हुई; 1827 के एक डेनिश शाही अधिकार-पत्र ने इसे एशिया की पहली डिग्री-प्रदान करने वाली संस्था बनाया, जो किसी भी जाति या पंथ के लिए खुली थी।
- अलेक्ज़ेंडर डफ़ ने 1830 में कलकत्ता में अंग्रेज़ी-माध्यम उच्च शिक्षा शुरू की।
- लखनऊ महिला कॉलेज (1886) को व्यापक रूप से एशिया का पहला ईसाई महिला कॉलेज माना जाता है।