ভারতে মিশনারিদের রেখে যাওয়া গভীরতম ছাপ সম্ভবত বিদ্যালয়। ১৫০০-এর দশকে জেসুইটরা প্রথম খ্রিস্টান বিদ্যালয় খোলেন; ট্রাঙ্কেবার মিশনারিরা — ১৭০৬ থেকে জিগেনবাল্গ, পরে ক্রিস্টিয়ান ফ্রিড্রিশ শোয়ার্ৎস — দেশীয় ভাষা ও ইংরেজি বিদ্যালয় চালাতেন। 1818 সালে সেরামপুর ত্রয়ী সেরামপুর কলেজ প্রতিষ্ঠা করেন, যাকে 1827 সালের একটি ডেনিশ রাজকীয় সনদ এশিয়ার প্রথম ডিগ্রি-প্রদানকারী প্রতিষ্ঠানে পরিণত করে, যা যেকোনো জাতি বা ধর্মের শিক্ষার্থীদের জন্য উন্মুক্ত ছিল। আলেকজান্ডার ডাফ 1830 সালে কলকাতায় ইংরেজি-মাধ্যম উচ্চশিক্ষা চালু করেন। গুরুত্বপূর্ণভাবে, মিশন বিদ্যালয়গুলি নারী ও নিম্নবর্ণের শিশুদের ভর্তি করত যাদের অন্য সর্বত্র বাদ দেওয়া হতো, এবং উপজাতীয় উত্তর-পূর্ব ও ছোটনাগপুরে প্রথম বিদ্যালয়গুলির অধিকাংশ গড়ে তোলে — কেরল ও তামিলনাড়ুর পরবর্তী উচ্চ সাক্ষরতার পেছনে এটি একটি বড় চালিকাশক্তি।
- সেরামপুর কলেজ 1818 সালে প্রতিষ্ঠিত হয়; 1827 সালের একটি ডেনিশ রাজকীয় সনদ একে এশিয়ার প্রথম ডিগ্রি-প্রদানকারী প্রতিষ্ঠানে পরিণত করে, যা যেকোনো জাতি বা ধর্মের জন্য উন্মুক্ত।
- আলেকজান্ডার ডাফ 1830 সালে কলকাতায় ইংরেজি-মাধ্যম উচ্চশিক্ষা চালু করেন।
- লখনউ উইমেন্স কলেজ (1886) ব্যাপকভাবে এশিয়ার প্রথম খ্রিস্টান নারী কলেজ হিসেবে বিবেচিত হয়।